Пещеры Вайтомо были впервые исследованы в 1887 году, вождем народа маори Тане Тиорану и английским натуралистом Фредом Майсом. Когда два исследователя зашли в пещеры, они были поражены мерцанием мириадов светлячков, которые создавали впечатление звездного неба. Пещерам Вайтомо, как считают ученые, более, чем два миллиона лет. Название этого уникального образования в переводе с языка маори означает: «воронка/отверстие, созданное водой».
Экскурсионное посещение пещер со светлячками сначала было нерегулярным – любопытных туристов проводил туда за небольшую плату Тане Тиорану. Однако неорганизованные посетители нанесли много вреда, поэтому в скором времени пещеры Вайтомо были переданы под контроль правительства и закрыты для экскурсий.
С 1989 года туристы вновь получили возможность полюбоваться необычным «звездным небом» внутри карстовых пещер. Это необычное явление связано с тем, что внутри пещер обитают насекомые Arachnocampa luminosa, личинки которых ярко светятся в темноте. Некоторые ученые высказали предположение, что интенсивность свечения связана с тем, насколько голодна личинка. Однако это предположение еще не подтверждено.